Якутский институт водного транспорта (филиал) федерального государственного бюджетного образовательного учреждения  высшего образования "Сибирский государственный университет водного транспорта» является обособленным структурным подразделением университета по подготовке специалистов с высшим и средним профессиональным образованием.

Отсчет истории Якутского института водного транспорта начинается с 1932 года, когда, в соответствии с Приказом Народного комиссариата водного транспорта № 139 от 02.04.1932 г., был создан Якутский речной техникум  с целью подготовки квалифицированных кадров для зарождающегося речного  флота Якутии.

• 1932 год – Создание Якутского речного техникума. Приказ Народного комиссариата водного транспорта № 139 от 02 апреля 1932 г. Подготовка специалистов по судоводительской и судомеханической специальности. Первый директор техникума – Хамазюк И.С.
• 1933 год – Открытие заочного подготовительного отделения для обучения речников без отрыва от производства
• 1936 год – Первый выпуск специалистов Якутского речного техникума (33 человека)
• 1938 год – Постройка  слесарных мастерских каркасного типа площадью 121,5 кв.м., оснащение мастерских токарными, сверлильными и точильными станками;  начало подготовки судоводителей со специальной штурманской подготовкой
• 1941-1945 годы – Усиление военно-прикладной и физкультурной работы; оборудование военного кабинета и спортивного зала; введение в штат ЯРТ новой должности – военный руководитель; организация материальной помощи фронту (сбор денег, теплой одежды и др.); введение военной  морской подготовки; создание групп самозащиты (звено охраны порядка, звено пожарной охраны, звено противохимической защиты, медико-санитарное звено); участие студентов, выпускников и преподавателей ЯРТ в Великой Отечественной войне; участие обучающихся в доставке авиатоплива для обеспечения авиатрассы Аляска-Сибирь при прохождении практики в Северо-Якутском пароходстве; сбор средств для строительства танковой колонны «Советская Якутия» и торпедных катеров.
• 1945 год – Открытие гидротехнической специальности
• 1949 год – Открытие отделения стажистов
• 1952 год - Якутский речной техникум реорганизован в Якутское речное училище. Постановление Совета Министров СССР № 2040 от 28 апреля 1952 года; полное государственное обеспечение курсантов (обмундирование, питание, проживание в общежитии)
• 1956 год – Введен в эксплуатацию новый двухэтажный учебный корпус в каменном варианте общей площадью 1610 кв.м., включающий 15 аудиторий (на 30 человек), спортивный и актовый залы, библиотеку, административные помещения)
• 1958 год – открытие лаборатории ДВС с действующими дизелями типа «Шкода»
• 1960 год – 1 марта 1960 г. на базе Якутского речного училища организован и открыт учебно-консультационный пункт Новосибирского института инженеров водного транспорта; в мае 1960 г. в Якутском речном училище открыто вечерне-заочное отделение СПО, позволившее рабочей молодежи  без отрыва от производства повышать свою квалификацию и получать флотскую специальность
• 1965 год – Введено в эксплуатацию благоустроенное общежитие курсантов на 400 мест
• 1978 год – Построен учебно-лабораторный корпус с мастерскими
• 1980 год – Сдано в эксплуатацию пятиэтажное благоустроенное общежитие
• 1982 год – На базе Якутского речного училища создан и открыт Музей истории речников Ленского бассейна. В музее хранится более 2000 экспонатов, отражающих поэтапное развитие речного флота Ленского бассейна
• 1983 год – Построен спортивный зал
• 1985 год – Открытие электромеханической  специальности; открытие на базе училища яхт-клуба «Лена»; открытие на плацу училища обелиска, посвященного памяти речников, погибших в годы Великой Отечественной войны
• 1988 год – Открытие специальности «Морское судовождение», просуществовавшей 10 лет, позволило в значительной степени повысить интерес к судоводительской специальности и подготовить около 300 специалистов «река-море» плавания для предприятий речного флота Республики
• 1993 год – Открытие  коммерческого отделения. Подготовка кадров по специальностям «Коммерческая деятельность», «Секретарь-референт», «Коммерция», «Экономика, бухгалтерский учет и контроль», «Маркетинг». Отделение просуществовало до 2013 год; поступление на баланс училища теплоходов «Московский-29» («М.Горовацкий»), «СКТ 1049» и др.
• 1994 год –  ЯРУ стало федеральным государственным образовательным учреждением среднего профессионального образования и получило название «Якутское командное речное училище»
• 1997 год – Разрушение здания главного учебного корпуса; организация учебных занятий в здании пятиэтажного общежития
• 2005 год – Построено и введено в эксплуатацию новое здание ЯКРУ; открытие очного отделения ВПО; поступление на баланс училища судна «СК-2035» («Вячеслав Минеев»), баржи
• 2007 год –  Распоряжение Правительства РФ № 465-р от 28.02.2007 о присоединении ЯКРУ к НГАВТ; приобретение и установка первого навигационного тренажера NTPro 4000
• 2009 год – Учебное заведение стало филиалом НГАВТ и получило название Якутское высшее командное речное училище. В его состав вошли Ленский филиал и Якутское командное речное училище
• 2011 год – Распоряжение Федерального агентства морского и речного транспорта № АД152-р от 26.05.2011 г. об установлении следующего названия учебного заведения – Якутский институт водного транспорта (филиал) ФБОУ ВПО «НГАВТ»
• 2015 год – Переименование учебного заведения в Якутский институт водного транспорта – филиал Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Сибирский государственный университет водного транспорта»
• 2017 год – Осуществлен первый набор курсантов на специальность 26.02.03 «Судовождение» углубленного уровня подготовки. Квалификация по диплому - Старший техник-судоводитель с правом эксплуатации СЭУ
• 2019 год – В рамках Федеральной целевой программы «Развитие транспортной системы России» завершено строительство учебно-тренажерного центра, оснащенного современным техническим оборудованием
• 2021 год – Открытие учебно-тренажерного центра (06.10.2021г.); осуществлен первый набор обучающихся на новую специальность СПО 23.02.01 «Организация перевозок и управление на транспорте (на водном транспорте)» на очно-заочную форму обучения.

За 90 лет существования учебное заведение подготовило и выпустило более 10100 специалистов речного флота со средним профессиональным образованием, и около 3 тысяч специалистов с высшим профессиональным образованием. Более половины руководителей предприятий речного транспорта Республики Саха (Якутия) – выпускники Якутского речного училища - Якутского института водного транспорта. 

Водный транспорт, на сегодняшний день, является основным видом транспорта в Республике Саха (Якутия) и играет большую роль в обеспечении северного завоза. Якутия обладает разветвленной сетью водных путей сообщений. Протяженность эксплуатируемых водных путей на ее территории составляет 21,8 тыс.км., из них на обслуживаемые пути приходится 16,7 тыс.км. В настоящее время водными путями Ленского бассейна пользуется 127 судовладельцев, которые имеют 2371 единиц самоходного и несамоходного флота.

Якутский институт водного транспорта - это единственное высшее  учебное заведение в Республике Саха (Якутия), которое ведет подготовку кадров высшего и среднего звена для предприятий водного транспорта всего региона. Успешное развитие ЯИВТ является определяющим фактором формирования кадрового потенциала предприятий отрасли Республики.